Estoński Uniwersytet Przyrodniczy jest jedyną uczelnią w Estonii, której priorytetem w działalności akademickiej i badawczej jest zrównoważony rozwój zasobów naturalnych niezbędnych do istnienia człowieka, a także zachowanie dziedzictwa i siedlisk. Według QS World University Rankings by Subject (2023), Estoński Uniwersytet Przyrodniczy jest jednym ze 100 najlepszych uniwersytetów na świecie w dziedzinie rolnictwa i leśnictwa, zajmując 37. miejsce. Uniwersytet należy również do 1% najczęściej cytowanych ośrodków badawczych na świecie, a nasz profesor fizjologii roślin Ülo Niinemets jest najczęściej cytowanym estońskim badaczem. Według czasopisma Times Higher Education (2022) Estoński Uniwersytet Przyrodniczy należy do 1000 najlepszych uniwersytetów na świecie (w rankingu 801-1000).